Carl Zeiss Jena er en historisk tysk virksomhed, der har specialiseret sig i fremstilling af optiske instrumenter, herunder mikroskoper, kikkerter og kameralinser. Virksomheden blev grundlagt i Jena, Tyskland, i 1846 af Carl Zeiss, og den blev hurtigt kendt for at producere optisk udstyr af høj kvalitet.
Gennem årene har Carl Zeiss Jena ydet mange vigtige bidrag til optikområdet.
I slutningen af det 19. århundrede udviklede virksomheden det første moderne mikroskop, som revolutionerede studiet af biologi. I begyndelsen af det 20. århundrede introducerede Carl Zeiss Jena den første 35 mm kameralinse, som var med til at popularisere fotografering som en hobby.
Under Anden Verdenskrig blev Carl Zeiss Jena en stor leverandør af optisk udstyr til det tyske militær. Efter krigen blev virksomheden afviklet, og dens aktiver blev delt mellem Øst- og Vesttyskland.
Den østtyske del af virksomheden fortsatte med at fungere som Carl Zeiss Jena og producerede en række optisk udstyr til videnskabelige og industrielle anvendelser.
Efter Tysklands genforening i 1990 blev Carl Zeiss Jena privatiseret og solgt til en række forskellige virksomheder.
I dag er virksomheden kendt som Jenoptik AG og fortsætter med at producere en række højteknologisk optisk udstyr til en række forskellige anvendelser, herunder industriel fremstilling, medicinsk teknologi og forsvar.